Kulturbarnehagen ble grunnlagt av Stina Fagertun. Stina drev egen barnehage i mange år før hun i felleskap med foreldrene ønsket å starte en barnehage som i hadde fokus på de estetiske fagområdene. Arbeidet med barnehagen startet i 1996, og 18. august 1997 åpnet barnehagen. Barnehagen hadde i utgangspunktet bare to avdelinger, men ble utvidet til tre avdelinger da det viste seg at barnehagen ble dyrere enn budsjettert. 5. november 1997 ble barnehagen offisielt godkjent av Tromsø kommune, og datoen markeres som barnehagens bursdag.

På loftet i barnehagen bor den magiske og mystiske dragen Jan Peder. Han er oppkalt etter mannen som bygde barnehagen. 

Sommeren 1998 byttet barnehagen navn fra Vesterlia Tema og Kulturbarnehage til Kulturbarnehagen. Høsten 2010 ble barnehagen renovert og utvidet med en ny småbarnsavdeling. Begge småbarnsavdelingene ble flyttet ned til 1. etasje, og begge storbarnsavdelingene ble flyttet opp til 2.etasje. 9. mai 2011 var renoveringen ferdig.